Mentionné dans une charte du XIIème siècle comme aumônerie templière, Runan est remis aux chevaliers de Rhodes en 1312. Aux XIVème et XVème siècles, les commandeurs reconstruisent et agrandissent l’édifice religieux et Runan devient un centre de pèlerinage et lieu de grandes foires. Les ducs Jean IV, Jean V, Anne de Bretagne et le roi Henri III vont doter ce sanctuaire, signe de son renom.
Conformément aux édifices hospitaliers, l’église comporte une nef à cinq travées se terminant par un chevet plat ouvert à la lumière du levant. Un ossuaire d’attache, un calvaire à trois croix dominant une chaire à prêcher dressée sur un socle hexagonal du XVème, complètent cet enclos paroissial en granit gris. Cette chaire à prêcher était utilisée par les chapelains de Malte et par les curés du lieu pendant les fêtes de Notre-Dame en raison de l’affluence des pèlerins.
Le portail sud est surmonté d’un tympan sur lequel sont sculptées une Pietà et une Annonciation. Au lieu d’être alignées dans le porche, les statues des Apôtres sont superposées dans la voussure de ce portail.
A l’intérieur de l’église, la maîtresse-vitre de 1423 est composée de six panneaux encadrés de six lancettes trilobées, surmontés par les blasons des donateurs.
Près des fonts baptismaux, l’ancien retable en pierre bleue de Tournai datant de 1423 comporte cinq bas-reliefs représentant l’Annonciation, l’Adoration des Mages, la Crucifixion, la Mise au Tombeau et le Couronnement de la Vierge.
Le Christ en croix est une sculpture en bois du XIVème siècle.
Deux gisants de granit du XVème siècle surmontent un tombeau mutilé lors de la Révolution.
Enfin, le long de la nef, les sablières sont dues à au sculpteur Le Mérer ; elles sont ornées par les signes du zodiaque, les quatre évangélistes, un riche bestiaire, et les péchés et les vices.