Ce sanctuaire construit vers 1200 par Hervé Ier de Léon à Landerneau est dédié à Saint Thomas Becket, assassiné par Henri II d’Angleterre et vainqueur du père d’Hervé Ier en 1167.
Symboliquement, le choix de ce saint-patron, mis à mort par le roi anglais pour la liberté, reflète la volonté du nouveau seigneur de Léon de s’affirmer et d’affirmer son indépendance vis-à-vis des velléités de domination anglaise. Peut-être entendait-il aussi laver l’affront que son père avait subi lors de sa défaite de 1167 ?
Il ne reste plus que l’église et l’ossuaire de l’enclos initial.
Datant de 1635, l’ossuaire fut bâti à l’ouest de l’église, comme il se doit. Il est dédié à Saint-Cadou, moine gallois du VIème siècle, réellement attesté, venu en Bretagne puis martyrisé à son retour dans son pays natal. La façade principale est percée de quatre fenêtres en plein cintre séparées par des pilastres ioniques (style assez rare dans les enclos où prédomine le style corinthien voire composite).
Lorsque vint la prospérité bretonne, aux XVIème et XVIIème siècles, une église plus imposante fut construite au même emplacement. Son plan est simple : un clocher-porche, une nef à 5 travées, deux bas-côtés et un chevet plat de style gothique flamboyant, caractéristique des églises de la région au XVIème siècle.
Quelques dates nous permettent de retracer les étapes de la construction, probablement au nombre de trois :
1) La nef de style gothique, non datée précisément, a été construite très vraisemblablement dans la seconde moitié voire à la fin du XVIème siècle. Dans les murs de la nef, les orifices que l’on voit sont des « vases acoustiques.»
2) Le clocher-porche léonard, édifié de 1607 à 1630, et complété à partir de 1849 par un troisième balcon et le dôme comportait à l’origine deux galeries.
Au-dessus du porche en plein cintre surmonté d’une clef feuillue, ont été disposées trois niches surmontées chacune d’un croissant de lune. Ce motif lunaire créé par Philibert Delorme, lors de la seconde Renaissance française, se retrouve sur nombre de murs de monuments de cette époque.
A l’intérieur du porche, les traditionnelles douze niches destinées à héberger les statues des Apôtres sont vides et un grand bénitier en kersanton, dont la cuve est décorée de godrons, y a été installé.
Au-dessus de la porte d’entrée, une niche qui a conservé sa polychromie a été aménagée dans le mur.
3) L’ensemble formé par la chapelle et la sacristie attenante est daté de 1668-1669. L’extension de l’église, au sud, par la construction d’une ou de plusieurs chapelles était le moyen que l’on utilisait pour agrandir un sanctuaire dès lors que ce dernier s’avérait trop petit. Dans le cas de Saint-Thomas, il s’agira surtout d’héberger la douzaine de confréries qui choisiront cette église pour y établir leur siège.
Œuvre de 1711, l’organisation du chœur de l’église s’inscrit bien dans son époque. En effet, depuis le Concile de Trente, l’autel est devenu le point focal de l’église alors que durant l’époque gothique, il était caché au public, derrière le jubé.
Des sablières sont à motifs Renaissance (putti, vases, masques) et d’autres d’inspiration locale (joueurs de bombarde, poules, scènes burlesques). L’autel est en forme de « Tombeau », forme typique de cette époque.
Plusieurs statues sont présentes dans la nef et le chœur, dont par exemple la Vierge couchée, statue en bois, datée des années 1430-1450, et Saint-Jean Baptiste, en kersanton du XVIème siècle.